Sus orígenes se remontan a la época pre-hispánica, cuando pueblos mapuches y tehuelches compartían estos inmensos espacios naturales, viviendo de los productos que les otorgaba la naturaleza y rindiendo tributo a la “mapu” (tierra) y a “Nguenechén” (Dios) por los dones que año tras año, recibían de su benevolencia.
Luego con el avance de las tropas militares, organizadas por el Gral. Julio A. Roca comenzaron a llegar los “huincas” (hombres blancos, en lengua mapuche), quienes, con la intención de extender la soberanía de la joven Nación Argentina, se enfrentaron en duros combates con los nativos.

En 1882, una avanzada del ejército arribó a Yconiyén (valle de los chacayales), también llamado Cum Cum Niyeu (lugar de reunión alrededor de un mojón), depresión en la que hoy se halla la ciudad de Junín de los Andes. Allí se alzó el primer fortín. Este primer avance dejó centenares de muertos en ambos bandos.
Una nueva expedición partió para este valle del Chimehuín en 1883 con la misión de sentar las bases para una población por expreso pedido del Cardenal Cagliero, quien estaba convencido que debía conquistarse al nativo a través del Evangelio.

Se dice que el lugar para levantar el fortín fue elegido por el Sgto. Mayor E. Vidal, quien estaba al mando de la unidad, por lo cual los habitantes de la ciudad lo consideran hoy su fundador.
Inicialmente el poblado se llamaría General Frías, pero acabó llamándose Junín de los Andes. Junín deriva del vocablo aymará “hunins”, que significa “pastizal”.
Durante los primeros años, fue más un puesto militar que un poblado, pero un nuevo capítulo se abrió con la llegada de los curas salecianos Domingo Milanesio y Juan Ruggerone, en 1892, quienes visitaron la zona en calidad de misioneros. El padre Milanesio se instaló definitivamente en 1895 y fundó la casa saleciana, con dos colegios para atender a los niños nativos, proporcionándoles alimento, educación y evangelización.
Con el tiempo, fueron afincándose los primeros pobladores, que transformaron esa “pampa” en un pujante centro ganadero del Neuquén.

Considerando como fecha fumadora el 15 de Febrero de 1883.

El dia 10 de Junio de 1924 se reúnen  en casa del señor Pedro Illara los señores Carlos Arbarez Gomez, Pedro Illera, José Carrizo, conformando la primer comisión de fomento del departamento Huiliches, Junin de los Andes. Según el Decreto de la gobernación del Territorio Neuquino(acta Nª 1 1924)
En 1945 la localidad fue declarada por Decreto Nacional,Nº 17.425-Expediente 985-I1945. Municipalidad de Junín de los Andes, junto con otras dos ciudades neuquinas: San Martín de los Andes y Cutral-Có. Es la primera fundación registrada en territorio neuquino, esto quiere decir que se trata de la localidad más antigua del Neuquén.

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